入力には問題はないのですが、
１）Synapticパッケージマネージャーの起動や動作に不具合が出ます。
Synapticを起動するまでに時間がかかってしまいますし、検索すると固まってしまうようです 
２）システム〜システム管理〜ネットワークでプロパティー等が動作しない
フォーラムで検索してみると、やはり同じ不具合が出るみたいです。
でも以下の操作でSynapticパッケージマネージャーの起動に関する不具合は解消出きることが分かり試してみました。
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viを起動します
$sudo vi /etc/X11/xinit/xinput.d/iiimf
ファイルの一部を修正します
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XIM=iiimx
XIM_PROGRAM=/usr/bin/iiimx
XIM_ARGS=-iiimd
GTK_IM_MODULE=xim←このように変更
QT_IM_MODULE=xim
if [ "$lang_region" = "ja_JP" ] ; then
export HTT_DISABLE_STATUS_WINDOW=t
export HTT_GENERATES_KANAKEY=t
export HTT_USES_LINUX_XKEYSYM=t
export HTT_IGNORES_LOCK_MASK=t
export JS_FEEDBACK_CONVERT=t
fi
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この修正後、気になる不具合は出ておりませんが、まだ使用期間が短いのでこれで絶対大丈夫だとの確証はありませんが、今のところ問題なく使えるようです。不具合があれば追記したいと思います。でもATOK X3をubuntuで使用するのはジャストシステムによると、正式には動作対象外なんだそうです。ジャストシステムなんとかしてくれないかなぁ〜７
追記−対策後の問題点−
１） 文字を入力してenterを押すと変換文字列がカーソルマークの右側に一瞬チラッと見えるようになる
２） open officeで入力に一部不具合が出ることがあるという方もいらっしゃるようです
普段あまり使用しないSynapticパッケージマネージャーやネットワークに目をつむってオリジナルのまま使うか難しいところですねぇ
追記 12/9 これが正式らしい
1. xterm や gnome-terminal 等の端末エミュレータから synaptic
を実行する場合
次の方法で synaptic を実行します。
$ GTK_IM_MODULE=xim gksu /usr/sbin/synaptic
2. GNOMEメニューから synaptic を実行する場合
GNOMEメニューの内容を変更することで問題を回避します。
1) /usr/sbin/synaptic-wrapper というファイルを作成し、
このファイル中に次の内容を記述します。
———————-[ここから]———————
#!/bin/bash
GTK_IM_MODULE=xim gksu /usr/sbin/synaptic
———————-[ここまで]———————
2) 新規作成したファイル /usr/sbin/synaptic-wrapper に実行可能権限を
付けます。
$ sudo chmod 755 /usr/sbin/synaptic-wrapper
3) GNOME メニューの[システム-設定-メインメニュー]を選択します。
4)[メニュー]欄の[システム-システム管理]を選択し、[アイテム]欄の
Synaptic パッケージ・マネージャ を選択して右クリックし、
[プロパティ]を選択します。
5)[”ランチャのプロパティ]の コマンド 欄を
/usr/sbin/synaptic-wrapper に変更して[閉じる]をクリックします。
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